Prema navodima iz optužnice, Šalja i drugi vojnici OVK, pripadnici policije i stražari učestvovali su u „proizvoljnom lišenju slobode, surovom postupanju, mučenju i, u jednom slučaju, ubistvu zatvorenika u fabrici metala u Kukešu, u severnoj Albaniji“, u periodu od približno 17. maja do 5. juna 1999 godine.
U optužnici se navodi da su žrtve tih krivičnih dela lica za koja se sumnjalo da sarađuju sa srpskim vlastima ili da ne podržavaju OVK i koja nisu aktivno učestvovala u neprijateljstvima. U postupku je posredstvom advokata učestvovalo osam žrtava.
Navodi se da su zatvorenici u fabrici metala redovno zlostavljani, kako fizički, što je uključivalo „premlaćivanje raznim predmetima, tako i psihički, uključujući pretnje smrću, ponižavanje, maltretiranje, saslušavanje i prisilne ili iznuđene izjave i priznanja“.
Prema navodima iz optužnice, Šalja je tim krivičnim delima značajno doprineo svojim neposrednim učešćem, kao i time što nije preduzeo odgovarajuće mere kako bi obezbedio humano postupanje sa zatvorenicima u fabrici metala u Kukešu i što je na drugi način pomagao izvršenje krivičnih dela navedenih u optužnici.
Sudija za prethodni postupak je 12. juna 2020. godine potvrdio prvobitnu optužnicu protiv Pjetera Šalje; 16. marta 2021. Šalja je uhapšen u Belgiji, a 15. aprila iste godine doveden je u pritvorski objekat Specijalizovanih veća.
Tokom faze prethodnog postupka obelodanjeni su dokazi, donete su odluke o preliminarnim podnescima i za osam lica odobren je status žrtve koja učestvuje u postupku.
Suđenje je počelo 21. februara 2023. godine uvodnim izlaganjima specijalizovanog tužioca, zastupnika žrtava i odbrane. Tužilaštvo je izvođenje dokaza završilo 6. jula 2023.
Prvostepena presuda izrečena je 16. jula 2024. godine, a pretresni panel je proglasio optuženog krivim za ratne zločine proizvoljnog lišenja slobode, mučenja i ubistva, i izrekao mu kaznu zatvora u trajanju od 18 godina.
