Tog 12. marta 2003. godine Đinđić je u dvorištu Vlade pogođen sa dva sanjperska hica u grudi. Odmah nakon toga prevezen je u Urgentni centar, gde je pokušana reanimacija, ali bez uspeha.
Nekoliko sati nakon što je Đinđić ubijen, u Srbiji je proglašeno vanredno stanje, koje je trajalo sve do 22. aprila te godine.
Tokom vanrednog stanja bila je organizovana policijska akcija „Sablja“, a u kojoj je, među uhapšenima, bio i atentator na Đinđića, bivši komandant JSO-a Zvezdan Jovanović.
Policija je u akciji „Sablja“ uhapsila više od 11.000 osoba, među kojima pripadnike zemunskog i drugih kriminalnih klanova, političare, visoke vojne oficire, nosioce pravosudnih funkcija i neke estradne ličnosti.
Đinđić je sahranjen 15. marta u Aleji zaslužnih građana na Novom groblju u Beogradu. Na njegovoj sahrani je bilo više od 70 stranih državnih delegacija.
Za ubistvo je suđeno čelnicima raspuštene Jedinice za specijalne operacije (JSO) Miloradu Ulemeku Legiji i Zvezdanu Jovanoviću i pripadnicima zemunskog klana.
U avgustu 2003. godine 44 osobe optužene su za učešće u ubistvu, suđenje je počelo je 22. decembra 2003. godine u u Odeljenju za borbu protiv organizovanog kriminala Okružnog suda u Beogradu, a 23. maja 2007. godine proglašeni su krivim i osuđeni na ukupno 378 godina zatvora.
Zoran Đinđić bio je jedan od osnivača Demokratske stranke (DS), u kojoj je bio predsednik Izvršnog odbora, a od januara 1994. do ubistva bio je predsednik DS. Bio je i prvi nekomunistički gradonačelnik Beograda posle 1945. godine.
Za vreme Đinđićevog mandata pokrenut je proces demokratizacije društva i korenitih ekonomskih i socijalnih reformi.
Njegova vlada se zalagala za saradnju s Haškim tribunalom i tokom njegovog mandata uhapšeno je i izručeno nekoliko optuženika, a među njima i bivši predsednik Srbije i SRJ Slobodan Milošević. Milošević je izručen 28. juna 2001. godine.
