Prethodno, taj sud oslobodio ga je optužbi da je kao pripadnik OVPBM organizovao napade na srpsku policiju.
Jakupi je oslobođen optužbi u vezi sa akcijama u Makedoniji od septembra do decembra 2004. godine, kada je grupa koja je bila pod njegovom komandom napala policiju kod Skoplja i Tetova i tom prilikom ranila nekoliko makedonskih policajaca.
Pre nekoliko godina bio je jedan od najtraženijih kriminalaca na Balkanu, a poslednji put je uhapšen je 2010. Prethodno, na spektakularan način pobegao je iz zatvora Dubrava kod Istoka.
Jakupi i još sedmorica zatvorenika pobegli su iz zatvora sredinom 2007. godine, pošto su razoružali zatvorske stražare, koji su u tom trenutku pokušavali da odbiju napad sa spoljne strane zidina tog zatvora.
Jakupi i Ramadan Šiti su pobegli u Makedoniju, gde su, u okolini Tetova, organizovali grupu odmetnika, navodno jako blisku Albanskoj nacionalnoj armiji (AKŠ), ozbiljno se naoružali i utaborili u tetovskom selu Brodec.
U akciji makedonskih specijalaca, krajem te godine, ubijeno je ukupno osam pripadnika te grupe i zaplenjena ogromna količina naoružanja, uključujući moderne protivtenkovske i protivavionske projektile, a Jakupi je, navodno ranjen, uspeo da pobegne na Kosovo.
Policija je tada zaplenila protivavionske projektile SA-7, protivtenkovske rakete, minobacače, ručne bacače, snajperske puške, mitraljeze, automatske puške, eksploziv, ručne granate, kao i na hiljade komada municije.
Prethodno, tužilac Euleksa je teretio Jakupija da je, zajedno sa Aslanom i Rasimom Bajramijem i Basrijem Džemailijem 2003. godine pripremao i učestvovao u terorističkom napadu na dvojicu pripadnika MUP-a Srbije na punktu kod sela Končulj u blizini Bujanovca. Jakupi je oslobođen optužbi.
„Komandant Naci“ se sa makedonskom policijom sukobio i krajem aprila 2010, kada je njegova grupa još jednom razbijena. Makedonski specijalci su, posle desanta iz helikoptera, razbili grupu albanskih odmetnika kod mesta Blace i u pet skrovišta pronašli veliku količinu naoružanja, uključujući vođene protivtenkovske projektile, ručne bacače, minobacače, automatsko naoružanje, ali i plastični eksploziv, detonatore i različitu drugu opremu.
Posle rasformiranja Oslobodilačke vojske Preševa, Bujanovca i Medveđe, čiji je, takođe, bio pripadnik, Jakupi je pobegao u Makedoniju, a 2004. godine, zajedno sa Agimom Krasnićijem, zabarikadirao se u skopskom selu Kondovu, preteći da će raketirati aerodrom u Skoplju.
Kriza je rešena posle pisma Ramuša Haradinaja. Sredinom 2009. godine, istragu protiv Jakupija pokrenule su i srpske vlasti, posle serije napada kod Bujanovca i u Preševu, navodeći da je on direktno učestvovao ili je poslao članove svoje grupe da minobacačem gađaju pripadnika Žandarmerije i bace bombu na stambenu zgradu u Preševu.
