Dvanaest godina Bogoslovija je bila izmeštena iz Prizrena zbog neprijateljskog okruženja u kojem se nalazila nakon rata 1999 godine.
U martovskom pogromu 2004. zapaljeni su svi objekti Bogoslovije kao i pravoslavne crkve u Prizrenu.
Od pre dve godine Bogoslovija je potpuno obnovljena i sada radi u punom sjaju.
Otac Andrej, prorektor Bogoslovije u Prizrenu, kaže da je obnova krenula 2007. godine i dodaje da je prvih pet generacija učilo usred spaljenih zgrada.
Trenutno je na Bogosloviji 55 učenika i 10 profesora koji su fakulteta uglavnom završili u Beogradu, Atini ili Solunu.
Prema rečima oca Andreja, učenici su uglavnom sa Kosova, ali ih ima i iz Niša, Kruševca, Novog Pazara.
